نگاهی به زندگی عبدالله اوجالان نشان می دهد که موضوعاتی همچون نقش سازمان میت در تأسیس پ.ک.ک و یا افشای ارتباط عبدالله اوجالان با سازمان مخوفِ “ارگنه کُن” از نقاط تاریک زندگی وی محسوب می شوند.

مهمترین موضوع که احتمال توافق پنهانی اوجالان با آکپارتی یا میت را تقویت می کند، گذشته ی مبهم و پُر از سئوالِ اوجالان است. ابراهیم گوچلو از سیاستمداران کُرد مطرح در ترکیه معتقد است سازمان میت در تأسیس پ.ک.ک نقش داشته است .

گوچلو می گوید: «پس از سال های ۱۹۷۴ دولت برای از بین بردن جنبش کردی در ترکیه و سازمان های کُردی (فعال در آن زمان) پ ک ک را تاسیس کرد و از طرف دیگر هم، هدف کنترل کردها ازداخل بود تا آن را وادار به تسلیم نماید، یعنی آن را از خطر ایجاد دولت ملی دور کند. در این مسیر و به ویژه توسط دیکتاتوری کودتای نظامی، پ ک ک  توانست سازمان های کُردی (رقیب) را از بین ببرد و پس از آن که اوجالان در سال ۱۹۹۹ دستگیر و به ترکیه آورده شد وی خیلی علنی اعلام کرد که آماده است تا به دولت خدمت کند و در عین حال اعلام کرد کردها در کردستان ترکیه و دیگر مناطق حق تشکیل دولت مستقل، فدرال و نیمه خودمختار را ندارند.

بحران موسوم به پرونده ارگنه کُن یکی دیگر از اتفاقاتی بود که در دوره دوم زمامداری آکپارتی صحنه سیاست داخلی ترکیه با آن مواجه شد. سازمان زیرزمینی و ملی گرای افراطی کمالیست تحت عنوان “ارگنه کُن” در ترکیه که برخی از اعضای عالی رتبه امنیتی و نظامی ترکیه در هسته اصلی آن بودند همانند دولت در سایه عمل می کرد.

از جولای ۲۰۰۸ بیش از هزاران نفر که شامل چندین ژنرال ارتش، مقامات حزبی و رئیس سابق شورای امنیت هستند، در چارچوب پرونده ارگنه کُن بازداشت شده و یا مورد بازجوئی قرار گرفته اند. ارگنه کُن به ترکی Ergenekon نام دره ای در کوه های آلتای آسیای میانه است که منشاء مردم تُرک از آنجاست و مهم تر از این، آنها اولین پادشاهی خود را در آنجا بنا نهادند.

خانم آمینه آینا از سران حزب جامعه دمکراتیک ترکیه DTP (که در زمان فعالیت شاخه سیاسی پ.ک.ک در ترکیه را نمایندگی می کرد) گفت: «سیاستمداران کُرد حتی آنهایی که در حزب عدالت و توسعه AKP و حزب جمهوری خواه خلق CHP و حزب حرکت ملی MHP و دیگر احزاب سیاسی هستند، باید بپذیرند که سرکوب ناسیونالیسم کُردی هدف اصلی ارگنه کُن بوده و عملیات های آنها با حمایت و اطلاع نیروهای مسلح ترکیه و مطمئناً آکپارتی پس از به قدرت رسیدن در سال ۲۰۰۲ صورت گرفته است.» امینه آینا به حمایت ایالات متحده آمریکا و اروپا از عملیات های ارگنه کُن نیز اشاره کرد که به منظور تقویت موقعیت ترکیه در خاورمیانه صورت گرفت.

پس از گشوده شدن پرونده ارگنه کُن و دستگیری بسیاری از عوامل و اعضای این سازمانِ زیر زمینی، اخباری نیز درباره ارتباط این سازمان با پ.ک.ک مطرح شد.

احسان ارسلان یکی از شخصیت های مطرح کُرد که در سال ۲۰۰۷ از حزب عدالت و توسعه AKP به پارلمان راه یافت می گوید: «سال ۱۹۹۳ ارگنه کُن و نیروهای جنگ طلبِ درونِ پ.ک.ک باعث شدند تلاش های تورگوت اوزال و سرکرده پ.ک.ک برای حل مسالمت آمیز مسأله کُردها با شکست مواجه شود.» (nefel.com)

عبدالله اوجالان خوش نیز بطور صریح پرده از دیدار چند عضو این سازمان با خود برداشت. اوجالان در این زمینه گفت که قبل از سال ۲۰۰۲ نمایندگان هورشید تولون و شنر اویگور دو تن از بلندمرتبه ترین توطئه گران او را در زندان جزیره ایمرالی ملاقات کرده اند. یکی از نمایندگان لونت ارسوز زئیس یگان اطلاعات و ضد ترور ژاندامری JITEM بود.

اوجالان در این زمینه گفت که توطئه گران او را به یاد کار مادان اوغلو (از شرکت کنندگان مهم در کودتای ۲۷ مارس ۱۹۶۰)  انداخت. همچنین طبق اسناد پیوست کیفرخواست پرونده ارگنه کُن اوجالان می توانسته در اواخبر ۱۹۷۹ قبل از کودتای نظامی ۱۹۸۰ از طریق اطلاعاتی که توسط ارگنه کُن به او رسیده از ترکیه بگریزد. اوجالان این را نیز گفت که عوامل ارگنه کُن با او در مورد ترور تانسو چیللر که طی دوره ۱۹۹۶ الی ۱۹۹۷ نخست وزیر ترکیه بود، صحبت کرده بودند. در نتیجه ادامه تحقیقات در مورد ارگنه کُن در طول تابستان و پاییز ۲۰۰۸ مدارک و اسناد بیشتری در خانه “ولی کوچوک” (ژنرال بازنشسته ارتش که به اتهام عضویت در سازمان ارگنه کُن دستگیر شد) پیدا شدند که ارتباط ارگنه کُن با پ.ک.ک را فاش می کردند. (اَلسُن، رابرت ص: ۵۷ و ۵۸).