پژاک پس از تاسیس بلافاصله درگیری های مسلحانه در مناطق کردنشین ایران را آغاز کرد و تا زمان برگزاری آخرین کنگره خود یعنی چهارم فقط بر راهکار مسلحانه به عنوان تنها گزینه برای وادار کردن نظام ایران برای پذیرش خواسته های خود تاکید کرده است. شدیدترین درگیری بین طرفین در تابستان سال ۱۳۹۰ شمسی بود که در شهریور آن سال #پژاک مقرهای اصلی خود واقع در کوه راهبردی #جاسوسان را از دست داد و حکومت اقلیم کردستان را بین خود و سپاه پاسداران انقلاب اسلامی ایران واسطه کرد تا به درگیری ها پایان داده شود. مقامات سپاه اعلام کردند پژاک تعهد داده از داخل مرز کردستان عراق به فاصله دو کیلومتری مرز ایران نزدیک نشود و این را شرط اصلی قبول آتش بس تعیین کرده است.