برخی اقلیت های مذهبی و قومی مانند آشوریها و کریستیانها اداره خودگردان به رهبری کردهای سوریه را به تبعیض نژادی و مذهبی و ایجاد محدودیت متهم می کنند.
به گزارش انجمن بی تاوان به نقل از سیریا دیرکت، برخی اقلیت های مذهبی و قومی ساکن مناطق تحت کنترل کردهای سوریه، سیستم خودگردانی به رهبری کردها را به ایجاد تبعیض در مسائل اداری، آموزشی و فرهنگی متهم می کنند. برخی از آنها می گویند برخی فعالان مدنی غیرکرد به دلایل نامعلوم بازداشت می شوند.
نهادهای آشوری اداره خودگردان کردی را متهم کرده اند که یکشنبه هفته گذشته، نیروهای امنیتی کرد شبانه وارد منزل سلیمان یوسف، نویسنده آشوری در قامیشلی شده و او را به همراه برخی لوازم مانند لپ تاپ شخصیش با خود برده اند. وی یکی از منتقدان اداره خودگردان کردی در شمال سوریه است. این نویسنده منتقد سیستم اداره کردی ۵ روز بعد آزاد شد.
نهادهای مدنی آشوریان که شاخه ای از مسیحیان هستند نهاد نظامی سوروتو وابسته به آشوریان را که تحت نظارت مقامات نظامی کُرد از منطقه محافظت می کند، به دلیل همکاری با نهادهای کردی مورد انتقاد قرار داده اند.
جوامع مسیحی و آشوری از این که مدارس وابسته به آنها بر اساس برنامه درسی اداره خودگردان شمال سوریه فعالیت کند ناراضی هستند. آنها می گویند بر اساس سیستم جدید آموزشی، موقعیت زبانی و فرهنگی این جوامع در آینده به خطر می افتد.
جمیل دیاربکرلی، مدیر نهاد نظارت بر حقوق انسانی آشوریان در سوئد به سیریا دیرکت گفته است برنامه درسی ارائه شده از سوی اداره خودگردان کردی زبان و فرهنگ آشوریان را تهدید می کند و این یکی از محدودیت های اعمال شده از سوی اداره خودگردان است.
اما الیزابت کوریا، مدیر بنیاد زبان آشوری در حسکه ضمن حمایت از برنامه درسی ارائه شده از سوی کردها گفته است سیستم آموزشی جدید نسبت به سیستم قدیمی پیشرفت زیادی دارد و بخش هایی از آن به زبان آشوری است.
شکری، مدیر سابق مدارس وابسته به آشوریان نیز گفته است وضعیت به صورت کلی خوب است و نمی توان گفت که تبعیضی میان کردها، اعراب، آشوریها و دیگران اعمال می شود اما تنش های ایجاد شده میان جامعه آشوری و اداره خودگردان ممکن است امنیت نسبی مناطق تحت کنترل اداره خودگردان را به خطر بیاندازد.
